美国南北间多年的分歧，终于导致1861年4月18号内战爆发。南方七个州脱离联邦，成立南方邦联。邦联士兵对南卡罗来纳州查尔斯顿港的联邦城堡萨姆特堡发起炮击，两天后占领了城堡。
林肯总统要求各州组建一支七万五千人的部队，镇压南方叛乱。北方各州积极响应，迅速向华盛顿派兵，但是南北交界地带的各州拒绝出兵，有些州还准备脱离联邦，加入南方邦联。
美国南北战争打响后，第一个脱离联邦的是维吉尼亚州，维吉尼亚州地处战略要地，位于首都华盛顿对岸，中间只隔着一条波托马克河。维吉尼亚州脱离联邦还让联邦损失了一名重要将领。
他就是罗伯特·李。李将军是维吉尼亚人，在美国陆军服役三十多年。美军最高指挥官斯科特将军退休后，林肯请罗伯特·李接任。罗伯特·李拒绝接受。他表示，他热爱联邦，反对维吉尼亚脱离联邦，但是他不能与自己的州为敌。
罗伯特·李辞去陆军职务，不想卷入战争。可是辞职没多久，他就同意领导维吉尼亚部队。脱离联邦后，维吉尼亚的武装力量迅速行动，一支一千人的部队赶往维吉尼亚的哈珀斯费里镇。
联邦部队在哈珀斯费里镇有一个军工厂和一个弹药库，废奴主义者约翰·布朗几年前曾试图在那里发动一场奴隶起义，最后以失败告终。联邦政府在哈珀斯费里只有为数不多的驻军，根本不是维吉尼亚部队的对手，只好撤退。
撤退前，联邦部队的士兵放火焚烧军工厂和弹药库。大火没有烧毁军工厂的所有设备。维吉尼亚部队夺取哈珀斯费里镇后，把缴获的设备向南运，用来为南方邦联士兵生产枪支。
维吉尼亚部队还对位于维吉尼亚诺福克的美国最大海军基地发动进攻。诺福克的联邦部队后撤，但是撤退前烧毁了所有建筑，炸毁了所有船只。维吉尼亚武装力量的行动让林肯越来越担心。
林肯害怕南方邦联部队会立即对首都华盛顿展开攻势。毕竟，邦联政府战争部长曾宣称，要在5月1号前把邦联旗帜插在国会大厦上。华盛顿防守薄弱，没有足够的兵力抵御邦联部队的进攻，所以需要尽快增援。
数以千计的增援部队正在途中，但不能立即抵达。从北面来的运兵的火车途径马里兰州。马里兰州很多人支持南方邦联，但是马里兰州州长反对分裂。他拒绝召集州议会的特别会议，担心州议会投票脱离联邦。他希望马里兰州保持中立。
运兵的第一列火车经过马里兰州巴尔的摩，没有遇到任何麻烦，但是第二列火车就没有这么幸运了。一群暴民拦截列车，向列车扔石头，最后双方开火，四名士兵和十二名平民丧生。
州政府和市政府官员开会讨论，一致认为今后会发生更多暴力事件，下令摧毁马里兰州巴尔的摩市外面的铁路大桥，让北方来的运兵列车无法穿过巴尔的摩前往华盛顿。
林肯总统告诉这些官员，华盛顿急需增援。虽然林肯同意，援兵不一定非要经过巴尔的摩，但是他希望援兵能在切萨皮克湾沿岸的安纳波利斯市安全登陆。然而，在安纳波利斯安全登陆容易，从安纳波利斯到华盛顿去就没有那么简单了。
南方邦联的支持者们破坏了从安纳波利斯通往华盛顿的列车、铁轨和桥梁，到达安纳波利斯的第一批士兵必须先修复必要的交通线路。尽管阻力重重，但是南北战争打响后的几个星期里，还是有一万人的部队抵达华盛顿，保证了华盛顿市和联邦政府的安全。
马里兰州南方邦联支持者的存在让林肯深感不安，因为他知道，这些人会继续对联邦部队的调动和供给的运输构成威胁。林肯希望限制南方邦联支持者的活动，决定采取极不寻常的行动，对马里兰州的大部分地区实行军事管制。
林肯授权军队指挥官，可以逮捕任何他们认为对联邦怀有敌意的平民，而且可以不经审判予以关押。这一总统令暂停了宪法里规定的两项最基本的权利，一项是被正式起诉前保持人身自由的权利，另一项是尽速接受审判的权利。
联邦法院首席大法官写信给林肯说，宪法里没有规定总统有权暂停公民权，但是林肯表示异议，他认为，联邦面临的严峻局面允许他采取强有力举措，否则的话，马里兰州一定会脱离联邦。
马里兰州倒是没有脱离联邦，但是北卡罗来纳州、田纳西州和阿肯色州纷纷退出，使南方邦联扩大到十一个州，此外，肯塔基州和密苏里州都支持南方，没人知道它们在联邦里还会待多久。
林肯对肯塔基十分重视，不希望肯塔基脱离联邦，也不希望肯塔基保持中立，肯塔基从维吉尼亚山区一直延伸到密西西比河。肯塔基如果保持中立的话，会阻止北方部队深入南方大部分地区。林肯希望肯塔基州能坚定地站在联邦一边。
林肯没有像对马里兰州一样，对肯塔基州实行军事管制，而是派人到肯塔基去，争取对联邦的支持。林肯派去的特使说服报纸发表支持联邦的声明，组织民防部队，由联邦政府提供武器和供给。林肯希望能借此争取到肯塔基州的支持。
与此同时，密苏里州州长极力主张脱离联邦。他召集特别大会，投票表决，但是大多数与会代表都反对脱离联邦。密苏里州州长组织了州内部队，林肯政府组建了民防部队，双方几次发生冲突，一些平民被打死。联邦部队最终夺取了密苏里州首府的政府大楼，包括州长在内的官员被迫逃走。密苏里州因此留在了联邦里。
当时，南方邦联首都位于阿拉巴马的蒙哥马利市，南北战争打响几周内，邦联议会投票决定将首都北迁，移到维吉尼亚的里士满，因为他们相信，维吉尼亚将成为南北战争的重要战场，结果证明，他们的判断是正确的。
就在邦联总统戴维斯起身前往里士满的两天前，联邦部队进入维吉尼亚，他们从华盛顿横跨波托马克河，没开一枪，就占领了阿灵顿市和亚历山德里亚市。南方邦联部队后撤，随后不到一个月里，又有数千名联邦士兵进入维吉尼亚。维吉尼亚的马纳萨斯将有一场重大战役，又称布尔溪战役。
